Entre las alegaciones más numerosas destacan las de la Plataforma en Defensa del Ebro, que ha presentado un documento de 118 páginas además de 320 demandas individuales, centradas gran parte de ellas en el caudal ecológico en la desembocadura, que reclaman que sea más elevado para garantizar la sostenibilidad del delta en Amposta. También cuestionan las previsiones de regadíos y la visión "economicista y productivista de la gestión del agua". No es la única entidad conservacionista que se ha afanado en la presentación de alternativas. También han sido amplias las alegaciones de Ecologistas en Acción o de la Coordinadora de Afectados por Grandes Embalses y Trasvases, todos ellos integrados en la asociación Cuenca Azul.
