30 de mayo de 2001: "Los rayos de luz entran por una parte de la grieta vertical situada en la zona oeste de la cúpula del Evangelio". Este es el último apunte que se recoge en el diario que la Escuela Taller de Restauración encargada de rescatar los frescos de Coello de La Mantería escribía en relación con sus trabajos (y al que EL PERIODICO ha tenido acceso), y que desde el 2 de abril, casi dos meses antes de que se produjese el desplome de la cúpula, venían notificando la caída de escombros en el interior de la iglesia. Al día siguiente de la última reseña, el 31 de mayo, la cúpula del Evangelio cedió, alcanzando a dos trabajadoras de la Escuela Taller, y comenzó todo un maremágnum legal que actualmente está parado.

La primera vez que las alumnas y profesoras encargadas de la preservación de los frescos de Claudio Coello notifican en su diario la caída de escombros en su lugar de trabajo es el 2 de abril de 2001. El equipo de restauración continuó su trabajo, y, tres días después, el diario vuelve a notificar la caída de elementos desde las cúpulas. El escrito dice que "mientras los albañiles pican y sanean por el exterior los morteros de yeso no originales (...) se desprendió, desde una altura de unos doce metros, un fragmento de mortero de unos 13 x 5 cm. (...) Se comunicó a los responsables de la DGA".

A raíz de entonces, los desprendimientos dentro de la iglesia, propiedad de la congregación religiosa Madres Escolapias fueron casi diarios, según refleja el escrito:

10 de abril de 2001: "Nos encontramos restaurando en la cúpula de la Epístola cuando, de repente, cae sobre el piso superior del andamio un trozo de madera de unos 18 cm" .

28-29-30 de abril: "El agua entra a raudales por la grieta aún abierta en la cúpula del Presbiterio" .

2 de mayo de 2001: "La alumna Sonia Bolea, que guardaba su mural debajo de la cúpula del Presbiterio, se lo encuentra todo salpicado de agua de lluvia y de barro (gotera del día 30 de abril)" .

10 de mayo de 2001: "Vemos aparecer dos manchas de 40 cm de diámetro en unas zonas del fresco perfectamente conservadas, correspondientes a la zona norte de la cúpula de la Epístola" .

15 de mayo: "La mancha correspondiente al cuerpo del águila (zona norte, cúpula Epístola) ha crecido muchísimo. (...) Debajo, el mortero está totalmente descohesionado. El ambiente en la cúpula es insoportable; huele muchísimo a humedad y hace mucho calor" .

El 22 de mayo, y según recoge el diario de las alumnas, debido a la llamada telefónica que realizó el director de la escuela taller a la arquitecta por el tema de las filtraciones, acudieron a la iglesia Begoña Genua, José María Melero y el aparejador y técnico de seguridad de la obra. El 30 de mayo se notifica la entrada de rayos de luz por una parte de una grieta vertical existente en la cúpula del Evangelio. Un día más tarde, la cúpula cedió.

Tal suceso, que pese a su gravedad y a no haber provocado víctimas mortales pudo haber sido una tragedia de grandes dimensiones, le produjo a la profesora Natalia Nieto una incapacitación durante 159 y diversas secuelas en diferentes partes del cuerpo. La alumna Mónica Mayoral sufrió lesiones que le produjeron incapacitación durante 40 días, así como dos cicatrices, en el talón y en la mano izquierda.