La pugna por el control de la entidad comenzó en 1999, cuando la Junta de Andalucía aprobó una ley de cajas en la que reducía del 35% al 13% la representación del Cabildo Catedral en Cajasur. La nueva ley financiera ofrece a Cajasur una salida y permite al Cabildo mantener el control. El presidente, el sacerdote Miguel Castillejo, ha conseguido sus objetivos, aunque sea a costa de desobedecer al obispo, que pidió un diálogo institucional.
