La iglesia parroquial de San Pedro Apóstol de Alagón fue cerrada al culto en el año 1999 para proceder, con ayuda de fondos europeos, a las obras de restauración de su torre mudéjar y ser así incluida en la relación de monumentos declarados Patrimonio de la Humanidad por su interés artístico.
Las obras de restauración se realizaron sin cubrir los retablos interiores. Además, durante la ejecución de las mismas, se ocasionaron algunos desperfectos que afectaron el tejado, a la electrificación de las campanas y al órgano parroquial.
Una vez concluidas las obras en la torre, se valoró que no tenía sentido proceder a la limpieza interior del templo para realizar previamente la restauración de toda la cubierta del edificio, que es lo que realmente urgía para garantizar la conservación del edificio religioso.
Lamentablemente han transcurrido ya más de cuatro años desde que se cerró el templo, sin que hasta la fecha hayan surtido efecto las gestiones realizadas para iniciar las obras de la cubierta. Y digo "lamentablemente" porque el edificio comienza a padecer daños que van a ser irreparables.
El problema de humedad que ya padecía la iglesia de Santiago antes incluso de ser cerrada se ha agravado en estos años de forma alarmante. Y a este problema se han sumado otros como el polvo y la suciedad, efecto de las obras de restauración, la ocasionada por las palomas que se colaron en el interior del templo mientras se realizaron las obras y lo que es más grave, las cada vez más abundantes filtraciones de agua de lluvia que ya afectaba a la nave central y a tres de las capillas laterales: la del Cristo y las dos que cuentan con pintura mural, cuyo deterioro es manifiesto, la de Santa Ana y la de San Antonio en donde incluso ya se han producido algunos desprendimientos de los adornos de la cúpula, con la consiguiente pérdida patrimonial.
