Desde que ingresó en prisión por primera vez, Rafael Márquez realizó numerosos diligencias para salir de la cárcel. Pese a la gravedad del crimen que cometió en Huesca, antes de ser juzgado ya insistió en varias ocasiones en pedir la libertad provisional. Una vez condenado solicitó el indulto, que le fue denegado. En mayor del 2002 también fue rechazada por Instituciones Penitenciarias su petición de acceder al tercer grado, que le fue concedida cuatro meses más tarde por el juez de Vigilancia Penitenciaria de de Logroño. Trasladado a Zuera, estuvo ingresado en el Centro de Inserción Social de Zaragoza (CIS), donde realizó cursos de formación ocupacional hasta que obtuvo la condicional en enero del 2003.
