El número de murciélagos que habitan cuatro refugios del entorno de Mularroya se eleva a 2.336 y pertenecen a cuatro especies distintas, según el censo que elabora la Confederación Hidrográfica del Ebro (CHE) para comprobar su compatibilidad con las obras del embalse. Este seguimiento consiste en al menos seis visitas anuales para censar las poblaciones de adultos y también de crías, según el organismo de cuenca.

En el 2016 y el 2017 se realizó además un estudio del uso del hábitat de los quirópteros de la cueva del Árbol en el ámbito de influencia del embalse y la principal conclusión es la ausencia de fluctuaciones significativas en el número de murciélagos que habitan estos refugios, con tendencias que parecen responder a la dinámica normal de las poblaciones ibéricas y su distribución en diferentes refugios alternativos. El censo de las colonias se realiza mediante videograbación, que se inicia al anochecer, con la salida del primer murciélago y hasta que salen todos.

Tras la salida de los adultos se visita el interior del refugio para censar las crías y se documenta con fotografías digitales. Las fechas seleccionadas dependen de cada especie, puesto que se busca que las crías sean aún pequeñas y no puedan volar.