El pozo recoge su nombre del Convento de San Lázaro --un hospital regentado por la orden de Nuestra Señora de La Merced desde 1224--, que asistió a centenares de leprosos. Según la leyenda, cuando uno moría, eran sus propios compañeros quienes recogían el cuerpo y lo tiraban al pozo. Y veían cómo se lo tragaba.

Otra leyenda es la de Santo Dominguito de Val, un infantico del coro de la Seo que, en 1250, cuando apenas tenía siete años, fue secuestrado, asesinado y descuartizado, en un macabro ritual. Según el periodista y escritor José Ramón Marcuello, el crimen está probado, pero dice la leyenda que después fue encontrado en el Ebro por unos navegantes sin un rasguño. Se consideró un milagro, fue canonizado y venerado a partir de entonces.

Otra dice que dos zaragozanos enamorados decidieron acabar con su vida porque sus familias impedían el casamiento. Ambos se subieron al Puente de Piedra, se ataron las muñecas con un cachirulo y se lanzaron en un acto de amor. Sus cuerpos jamás fueron encontrados.

Otras leyendas dicen que el pozo no tenía fondo o que conectaba directamente con el mar, ya fuera con Tortosa (donde desemboca el Ebro) o con Peñíscola (típico lugar de veraneo de los zaragozanos).