A pesar de los datos ofrecidos por el actual Ministerio de Defensa, siguen sin respuesta algunas cuestiones "críticas" de la investigación, tal y como las definió el ya expresidente de la Comisión Internacional que analiza la tragedia. En concreto, por qué el avión volaba con un motor a menos potencia antes de estrellarse, tal y como se ve en una caja negra --señal de que podía haber una avería--; por qué el comandante declaró unos 1.800 kilogramos de queroseno menos de los que portaba el aparato --con el consiguiente sobrepeso--; y por qué el Yak-42 no tenía los sistemas de alerta que exige la legislación, que le hubieran dado más tiempo para evitar la montaña. José Bono sólo dijo que los sensores del combustible no funcionaban.
