Las instalaciones de Ejea, medicina y Cábala, se crearán como un conjunto museístico compuesto por dos edificios que ocuparán la llamada Casa del Médico y la Sinagoga, situados en el casco antiguo, en una zona conocida como el Barrio de la corona. Ocuparán más de 1.200 metros cuadrados y los edificios estarán comunicados entre sí por un paso elevado. Asimismo, tendrá una sala principal que representará a Aragón como espacio de intercambio cultural y mestizaje.Además contará con numerosas sala distribuidas por unidades temáticas como la religión judía e islámica, la aportación de las culturas semitas a Europa, historia del arte y cultura material, literatura y pensamiento, las ciencias y su aplicación, y las aljamas de las Cinco Villas. La zona más atractiva será el denominado "observatorio": un recinto oscuro con forma de cilindro, en el que se tratarán temas como la astronomía y se proyectarán imágenes relacionadas con la época.
