Un mayor riesgo de sufrir bullying y de abandonar los estudios antes de tiempo. Esa es la realidad para muchos estudiantes trans cuya expresión de género no se ajusta a las normas y expectativas de la sociedad, como sucede con los niños considerados «femeninos» y las niñas consideradas «masculinas».

Según Naciones Unidas, los estudiantes LGTB sufren más casos de acoso y violencia que el resto de sus compañeros. Un estudio llevado a cabo en Nueva Zelanda demuestra que los alumnos pertenecientes al colectivo de lesbianas, gays y bisexuales tienen el triple de probabilidades de ser objeto de acoso por parte de sus compañeros heterosexuales, y los estudiantes trans tienen cinco veces más posibilidades que los estudiantes que no son trans.

Estos casos de acoso escolar por homofobia y transfobia se deben en parte a que este tipo de violencia está arraigada en profundas creencias culturales sobre el papel asignado a cada género en función de si este es masculino o femenino.

Además, los niños y jóvenes que sufren acoso o violencia por que se les considera lesbianas, gays, transexuales o intersexuales son más propensos a sentirse inseguros en la escuela, a no asistir a clase o a abandonar sus estudios por completo, así como a obtener peores resultados académicos que sus compañeros.

Por ejemplo, un estudio realizado en Estados Unidos determinó que el 70% de los estudiantes LGTB se sienten inseguros en la escuela. En Argentina, un estudio del año 2007 demostró que el 45% de los alumnos trans abandonan sus estudios, ya sea debido al acoso transfóbico ejercido por sus compañeros o porque son excluidos por las autoridades escolares. Un estudio australiano del 2015 concluyó que el 18% de las personas intersexuales no termina la enseñanza secundaria, frente al 2% de la población en general.