Como hiciera en su anterior novela, El enigma Goya, Manuel Ayllón sigue empeñado en descubrir "que los grandes personajes de la Historia tienen más de una faceta". En esta ocasión desenmascara a Doménikos Theotokópoulos en La conjura de El Greco, y lo descubre "con su azarosa vida familiar, su condición de enredador, su valentía...". Todo esto lo hace en forma de thriller, una buena forma de "enmascarar tesis" en un formato atractivo para el lector, ya que el madrileño no esconde su afán comercial: "si lo hiciera en forma de ensayo, no lo leería nadie", explica, no sin cierta amargura al parecer.

La novela despide en primera instancia un tufillo a Código Da Vinci, no solo en su título sino en su sinopsis, con conspiraciones y tramas en torno a El entierro del Conde de Orgaz, magia y Cábala... pero la mínima explicación del escritor destierra este prejuicio: "Los hechos que expongo son totalemente reales, relaciono asesinatos y hechos que la Historia presentaba como separados", asegura.

La novela trata las distintas fases de la conjura contra Felipe II, el rey que "frustró el segundo intento de España por convertirse en un país moderno, tras el de Fernando el Católico". La novela describe una conjura que pretendía no solo derribar al tirano, "algo común e incluso legitimado por la Iglesia hasta 1550", sino dar un golpe de Estado "contra la política de guerras del rey, en favor de una de pactos". El escritor no demuestra un gran cariño por el hijo de Carlos I, calificándolo como "un loco que se creía Salomón, y edificó un templo, como él, que fue El Escorial".

La conjura de El Greco describe las tres fases de la conjura contra el rey, que a pesar de su título no está encabezada por el famoso pintor griego. "Primero hubo una conspiración de élite, de grandes personalidades, que fracasó al ser todos asesinadas. Después se recurrió a la fase de la magia, la cábala...". Cuando caen los conspiradores principales y fuertes, "como las primeras filas de un ejército", apenas queda El Greco solo, en principio una amenaza más bien débil. "Pero a pesar de ello consigue, si no triunfar, sí vengarse con la muerte del rey". Como en una partida de ajedrez.