El CNI se inscribe orgánicamente en el Ministerio de Defensa como un organismo autónomo, pero su principal dependencia funcional es de la Presidencia del Gobierno. El director del centro tiene rango de secretario de Estado y un estatuto de carácter especial, con un nombramiento por cinco años. Despacha con el presidente, con su jefe de gabinete y con el secretario general de la Presidencia. También aporta informes a los diferentes ministerios. La ley del 2002 creó la Comisión de Inteligencia, que preside un vicepresidente del Gobierno.
