En 1995, los policías Amedo y Domínguez implican a Vera en el pago de 200 millones de pesetas de los fondos reservados.

En 1996, es procesado por el caso Lasa-Zabala. En junio del 2000 es absuelto.El Supremo le condena en julio de 1998 a 10 años de cárcel por el caso Marey

. En diciembre, recibe un indulto parcial del Gobierno y el Constitucional deja la ejecución de la pena en suspenso y abandona la cárcel.En octubre de 1999 se abre el procedimiento por el caso de los fondos reservados

. Tras tres años de proceso, la Audiencia de Madrid le condena a siete años de cárcel.