Nueve informes y órdenes de operaciones de la Policía y la Guardia Civil alertaron en los tres últimos años al Gobierno de José María Aznar sobre el riesgo de que se produjeran atentados de Al Qaeda en España. Los informes enviados por el Gobierno a la comisión de investigación del 11-M revelan que los terroristas que se inmolaron en Leganés (Madrid) querían atentar contra un colegio infantil británico en La Moraleja (Madrid), una hospedería judía en Avila y una finca de recreo a 35 kilómetros de Madrid, frecuentada por familias de origen judío.

Los informes también confirman que los terroristas que se suicidaron en Leganés quisieron volar el AVE Madrid-Lérida el 30 de marzo, a su paso por Mercamadrid. Unos vigilantes frustraron el atentado. El 2 de abril lo intentaron contra el AVE Madrid-Sevilla a la altura de Mocejón (Toledo), pero fueron descubiertos.

La primera orden de operaciones que alertó contra el terrorismo islamista fue dictada en octubre del 2001 por el general de la Guardia Civil Pedro Muñoz Gil, tras los atentados del 11-S. La instrucción ocupa cinco páginas. Dice que "las estrechas relaciones de España con Estados Unidos e Israel hacen que nuestro país pueda ser considerado objetivo del terrorismo integrista islámico" y considera a Madrid, Cataluña, Valencia y Andalucía las zonas de "mayor riesgo".

Ordena que se realicen actividades de información en los centros de propagación de "postulados integristas" para "detectar, ubicar y controlar a los radicales islamistas" y que se preste especial atención a la inmigración y a las vinculaciones de los radicales con delincuentes comunes.

La orden dictada por Muñoz Gil fue seguida de otras tres instrucciones emitidas por su sucesor, el general Vicente Faustino Pellicer, en febrero y marzo del 2003. En ellas se señala que "la crisis de Irak ha aumentado el riesgo de atentados islamistas" y se pide a todas las comandancias que extremen la vigilancia de las sedes diplomáticas y empresas emblemáticas de Estados Unidos, Reino Unido e Israel. También ordena que se extremen los controles sobre instalaciones estratégicas, centrales nucleares y eléctricas, puertos, aeropuertos y redes de comunicaciones. Una instrucción posterior se refiere expresamente a la protección de las instalaciones ferroviarias.

El análisis y la investigación del atentado perpetrado el 16 de mayo del 2003 contra la Casa de España instalada en la ciudad marroquí de Casablanca supuso la advertencia definitiva. El servicio de información de la Guardia Civil comunicó a la Europol: "El atentado contra la Casa de España en Casablanca, unido a las declaraciones del número dos de la red Al Qaeda, Ayman al Zawahiri, en las que hace un llamamiento a los musulmanes a intensificar la yihad, no hace sino confirmar las hipótesis de que España es objetivo de este tipo de terrorismo".

La entonces ministra de Exteriores, Ana Palacio, negó que el atentado de Casablanca tuviera alguna relación con España. Sin embargo, la información que se deriva de los análisis policiales y transmitida a Europol señala que "la elección de este lugar podría deberse al alto grado de repercusión y alarma social que simplemente la denominación de Casa de España puede llegar a crear en las sociedades marroquí y española". El informe apreciaba "un más alto nivel de preparación" de los terroristas y alertaba sobre su peligrosidad: "Su intención es causar el mayor terror posible".

A partir del análisis que realizó el Servicio de Información Exterior de la Guardia Civil sobre los atentados de Casablanca, el Ministerio del Interior recibió unos planes parciales de inteligencia de los expertos de ese cuerpo que reclamaban "un impulso definitivo ante la importancia real que representa este tipo de terrorismo para nuestro país".

La evaluación de esa amenaza fue entregada al secretario de Estado de Seguridad y número dos del ministro Angel Acebes, Ignacio Astarloa, el 18 de junio de 2003 bajo el título de "vacaciones estivales del presidente del Gobierno". Tanto en ese caso como en otra evaluación inmediatamente posterior, con fecha del 19 de junio del 2003, referida a las "vacaciones de la Familia Real" se prevenía sobre "la amenaza real del terrorismo internacional" con el objetivo de que se reforzase la protección y se adoptasen las medidas operativas necesarias.

Entre la documentación remitida la noche del martes a la comisión investigadora del 11-M, figura un pormenorizado y voluminoso informe de la Fiscalía General del Estado sobre las denuncias registradas a raíz de las concentraciones del 13 de marzo, el día antes de las elecciones generales, ante las sedes del Partido Popular en varias ciudades españolas. Este informe fue solicitado por el grupo conservador.

Las manifestaciones exigiendo la verdad sobre la autoría de la masacre de Madrid se saldaron con 22 denuncias en otras tantas provincias. De ellas, 12 ya han sido archivadas por no apreciarse indicios delictivos y 10 aún se encuentran en tramitación. Tres de ellas siguen en fase de investigación policial y las otras siete se encuentran en fase de instrucción sumarial.