La Comarca de las Cinco Villas mantendrá en funcionamiento las dos mancomunidades que conviven con la comarca. A pesar de que muchas de las competencias que venían ofreciendo la Mancomunidad Altas Cinco Villas y la Mancomunidad Clarina las ha asumido la comarca, se ha optado por seguir subvencionándolas ya que todavía existen algunos servicios que siguen gestionando.

En el pasado recibían ayudas para gastos de funcionamiento de la DGA, que el anterior ejercicio mantuvo la comarca. Pero vista la asunción de los servicios de gestión de RSU, deportes, cultura, juventud, o el incremento de las aportaciones en materia de acción social por parte de la comarca, las aportaciones se disminuirán escalonadamente, reduciéndose en este ejercicio hasta el 75% del anterior.