El organigrama municipal del Ayuntamiento de Borja cuenta con siete comisiones y siete delegados de alcaldía, además de otros representantes en órganos y asociaciones. Después de la toma de posesión de Eduardo Arilla como alcalde, la Comisión de Gobierno está formada además por Marimar Arcos, primer teniente de alcalde, y Aitor Tabuenca, como segundo.

La Comisión de Cuentas, Economía, Hacienda, Industria, Comercio y Personal está presidida por Marimar Arcos. La de Patrimonio, Cultura, Juventud, Comunicación, Nuevas Tecnologías, Educación y Festejos por Jorge Jiménez. La Comisión de Sostenibilidad, Medio Ambiente y Energías Renovables por Javier López. La de Bienestar Social, Sanidad, Mujer, Igualdad y Turismo, Laura Calahorra. La de Deporte, Urbanismo, Accesibilidad, Servicios Públicos, Santuario de Misericordia, Protección Civil, Bomberos Voluntarios, Seguridad Ciudadana, Agricultura, Caminos y Ganadería por Aitor Tabuenca. Y la Comisión de Festejos por Gema García.

En cuanto a las delegaciones de alcaldía, Marimar Arcos asume Igualdad, Industria y Personal; Aitor Tabuenca, Bomberos Voluntarios, Protección Civil, Deportes, Santuario de Misericordia, Nuevas Tecnologías y Juventud; Laura Calahorra, Bienestar Social, Fundación Sancti Spiritus, Sanidad y Turismo; Jorge Jiménez, Cultura, Patrimonio y Educación; Gema García, Festejos y Comunicación; y Javier López, Energías Renovables, Agricultura, Ganadería y Caza. Por su parte, el alcalde Eduardo Arilla se encarga de Urbanismo, Servicios Públicos, Seguridad Ciudadana, Accesibilidad, Medioambiente y Comercio.

Además, el concejal Jorge Jiménez será el representante municipal en órganos, asociaciones y tres consejos escolares y Marimar Arcos, suplente. También Laura Cala -horra representará al consistorio en la Ruta de la Garnacha, con Eduardo Arilla como suplente. El alcalde será el representante en la Mancomunidad Aguas del Huecha. T