Los rectores de los 50 centros universitarios españoles alertaron, en un manifiesto conjunto bajo el título La universidad, garantía de futuro, de que el endeudamiento de las comunidades autónomas y el deterioro de las transferencias de las partidas destinadas por las autonomías a las universidades "están conduciendo al sistema universitario a la asfixia económica" si bien mostraron su voluntad de colaboración con las administraciones públicas para resolver "este grave problema".

Ante esta situación, los 50 responsables de los centros universitarios públicos que firmaron el manifiesto, junto con los de la Universidad de Vic y la Oberta de Cataluña -ambas privadas--, solicitaeon al Gobierno que la investigación, el desarrollo y la innovación sean consideradas "como una inversión y no como un gasto".

La reforma educativa no se libró de las críticas de algunos responsables universitarios. En concreto, el rector de la Universidad Complutense de Madrid, José Carrillo, auguró "ciertas intenciones privatizadoras" con las nuevas pruebas específicas que las universidades pueden aplicar para algunas titulaciones.