Joan Barreda (Honda) se mantuvo como líder del rally Dakar al término de la segunda etapa, que tuvo como vencedor al austríaco Matthias Walkner (KTM), vigente campeón de la carrera. Barreda terminó la etapa con el tercer mejor tiempo, al quedar 1 minuto y 41 minutos por detrás de Walkner, vencedor del día al arrebatar el triunfo en el último tramo al estadounidense Ricky Brabec, que había hecho los mejores tiempos hasta la parte final del recorrido.

El piloto castellonense conserva una ventaja de 1 minuto y 31 segundos sobre Walkner en la general y deberá abrir ruta en la tercera etapa, a priori uno de las más duras de esta edición del Dakar, que se celebra íntegramente en Perú. En esta segunda etapa, el de Torreblanca (Castellón) también fue la primera moto en partir pero esta vez tenía la ayuda del rastro dejado en la arena por los coches, que salieron antes que las motos cuando lo habitual es que sea al revés.El chileno Pablo Quintanilla (Husqvarna), que fue primero en la primera etapa, cedió tiempo al terminar en la quinta posición, a 3 minutos y 24 segundos de Walkner.

Por su parte, el francés Sébastien Loeb ganó la segunda etapa en coches, con ocho segundos de ventaja sobre el español Joan Nani Roma, que quedó en segunda posición en una jornada en la que pudo recuperar el tiempo que perdió el primer día. Loeb sumó así su undécima victoria de etapa en el Dakar al hacer el mejor tiempo del día, con un recorrido entre Pisco y San Juan de Marcona de 511 kilómetros, de los que 342 eran cronometrados.

La clasificación general pasa a estar liderada por el sudafricano Giniel De Villiers (Toyota), que finalizó la etapa en la cuarta posición, a un minuto y 31 segundos de Loeb, mientras que Roma escala a la tercera posición y se queda a 42 segundos de la cabeza. Carlos Sainz (Mini), vigente campeón del rally, acabó a 4 minutos y 40 segundos de Loeb y en la general se queda a 2 minutos y 28 segundos de De Villiers.