"No me podía ir si el equipo no estaba en Primera". Zapater, el 28 de julio del 2009, en una emocionada rueda de prensa se despedía así. Las lágrimas brotaron cuando se le preguntó por lo que era para él este club. Emocion y dolor por el adiós. "Será siempre el mejor del mundo. No tengo palabras para agradecer lo que ha hecho por mí el Real Zaragoza, me lo ha dado todo". Sobre el césped, había dejado al Zaragoza en Primera, con una ovación atronadora de su afición el 13 de junio ante el Córdoba en el partido del ascenso, donde lloró y lanzó un simbólico beso a su brazalete, gestos que quedaron en la retina. Marcelino no lo veía imprescindible en la élite y Agapito Iglesias, en su destructivo afán, vio un ingreso claro en su traspaso al Genoa por 4,5 millones. Tras cinco temporadas en el primer equipo, donde debutó en la 04-05, se hizo ídolo, disputó 207 partidos (138 en Primera), logró una Supercopa, vivió un descenso y un ascenso, cogió su maleta y se fue rumbo a Italia.

El periplo comenzó en el Calcio. Y arrancó bien, como fijo en aquel equipo entrenado por Gian Piero Gasperini. Contra la Roma, en su debut, anotó un gol de falta y dio una asistencia. Sin embargo, cedió protagonismo en el once, aunque cerró el curso con buenos números: 28 partidos de Liga, 7 en la Europa League y uno de Copa.

En agosto del 2010 puso rumbo al Sporting luso firmando por cinco años, ya que el Genoa lo metió en la operación para el fichaje de Miguel Veloso, valorando su pase en dos millones. En Portugal coincidió con José Couceiro como técnico interino, después mánager, en los primeros meses y disputó 34 partidos oficiales, 22 de Liga, con cuatro goles. Fue perdiendo presencia en el equipo y negoció su rescisión a finales de julio del 2011 para volver a firmar por 5 años, esta vez en el Lokomotiv ruso, como petición de Couceiro.

En la primera temporada en Rusia participó en 30 partidos, 21 de la Premier Liga, con un gol ante el Rubin Kazan. A Couceiro le sustituyó Slaven Bilic, que contaba con él, pero comenzaron sus molestias para que en el siguiente curso solo fueran cinco los encuentros y en la 13-14 solo llegara a participar en uno, ante el Volga el 20 de julio del 2013. Su último oficial.

En el 2011 empezaron esas molestias, primero en el abdomen. Tenía una hernia inguinal y esperó a operarse a que acabara esa temporada. Lo hizo en Roma. Forzó para estar bien al comienzo del siguiente curso en Rusia, pero desde el principio sintió molestias en el pubis. Eso le derivó en tremendos problemas de espalda, además de musculares y de motricidad, que terminaron en el quirófano.

Hasta hace unos meses no veía la luz, se desvinculó del club ruso y el trabajo en la Ciudad Deportiva junto a Andrés Ubieto empezó a hacer efecto para comenzar a soñar con el regreso al Zaragoza porque cada vez completaba mejor un estricto programa de entrenamientos. Así, esas lágrimas de dolor por el adiós en julio del 2009 son ahora de felicidad por cumplir su sueño. "El Zaragoza será lo que quiera su gente", dijo en una ocasión. Su gente deseaba su regreso. Él lo soñaba. Y se cumplió. Casi siete años después.