El Museo del Ferrocarril, inicialmente previsto junto a la estación de Delicias, desaparece en el avance del futuro barrio del AVE como consecuencia del soterramiento integral de las vías, y carece de una ubicación alternativa. El centro museístico estaba incluido en el proyecto de la terminal y parte de sus dependencias iba a ocupar la antigua estación de Delicias. Sin embargo, la vieja terminal restaurada se ha destinado por completo a albergar dependencias del GIF --la sociedad estatal del AVE--, entre las que destaca el centro de mando de la línea de alta velocidad.
El material ferroviario se pretendía exponer en la gran plaza de la estación e iba a disponer de una conexión con las vías del tren convencional con la intención de renovar la colección. Sin embargo, la pretensión de tapar las vías entre la intermodal y el centro comercial Augusta impide al museo disponer de una salida ferroviaria que garantice la finalidad de ser un centro vivo.
