La contaminación difusa, es decir, la que procede de la actividad agrícola, sigue afectando a la cuenca del Ebro, especialmente a los ríos Arba (en Zaragoza), Gállego, Alcanadre y Cinca (los tres en Huesca). Así lo señala la Confederación Hidrográfica del Ebro (CHE) en su último informe de la calidad de las aguas en el que se destaca, también, que los embalses de Mequinenza, Ribarroja y La Peña están afectados por las afecciones de los río y, especialmente, por estar situados aguas abajo de grandes zonas regables, de localidades vertientes o de zonas industriales.

Desde la CHE resaltan que la ganadería intensiva y la inadecuada gestión de los purines en zonas con saturación de granjas generan problemas de calidad, como ocurre en el río Tastavins, en la cuenca del Matarraña.

En cuanto a la presión por vertidos industriales, se concentran en los grandes núcleos de población de la cuenca del Ebro. Además de las capitales de provincia, los núcleos de importancia industrial se encuentran en Sabiñánigo, Barbastro y Monzón (Huesca). En este sentido, destacan las aguas abajo de Sabiñánigo afectadas por lindano, que este verano obligó a una decena de localidades a no beber agua del grifo.

También el informe hace referencia a los vertidos de aguas residuales urbanas que están mejorando gracias a la extensión de las estaciones de depuración. De todas formas, algunos incumplimientos demuestran que el funcionamiento de las depuradoras es mejorable ya que en algunas ocasiones, principalmente durante episodios de tormenta se producen vertidos directos al río, con lo que se hace necesaria la construcción de redes separadas de pluviales y residuales. Afecciones puntuales se han detectado aguas abajo de grandes ciudades como Pamplona, Miranda de Ebro y Zaragoza.

En cuanto a las aguas subterráneas, cuyo estado está condicionado principalmente por la contaminación difusa, la CHE apunta como "afectados" el Canal Imperial, tramos bajos del Segre y Gállego y Gallocanta. No obstante, la considerada como "más problemática" es la zona de Urgell-Tárrega (Lérida). Los acuíferos de Sabiñánigo y Monzón están afectados por la industria allí localizada.