El exalcalde del PP, José Atarés, firmó en el año 2002 la compra del solar del Seminario a la Iglesia. La operación fue muy criticada porque incluía una recalificación que muchos tildaron de vergonzosa por los cuantiosos beneficios económicos que reportaba a la Iglesia. A cambio, el consistorio se quedaba con el palacio de Fuenclara, 6.000 metros de viales públicos en Condes de Aragón y el Seminario. La institución religiosa recibió a cambio una recalificación para construir 420 viviendas libres y 110 de VPO. Unos años después, con la llegada de Juan Alberto Belloch al consistorio en coalición con los nacionalistas, PSOE y CHA hacen suyo el proyecto de rehabilitar el Seminario y convertirlo en la nueva sede administrativa de Zaragoza y valoran la reforma en el año 2005 en 50 millones de euros. La UTE Arascón-Acciona cobraría en especie: rehabilitaría el centro administrativo a cambio de suelo para construir 254 viviendas en Romareda (en el mismo ámbito del edificio eclesiástico que ahora están en obras), en Oliver y en Arrabal. PSOE y CHA retoman la idea del PP y emprenden la rehabilitación de este inmueble de 40.683 metros cuadrados que, teóricamente, estaría terminada en 30 meses. En agosto del 2006, el derrumbe de 30 metros de pared del ala este del Seminario echa por tierra toda planificación y obliga a reconocer públicamente los primeros desfases millonarios de la obra: 6,6 millones de euros. Hace un año, se aprueba un segundo modificado de 5,5 millones de euros para refuerzos extra de la estructura. La polémica se completa en junio, ya con PSOE y PAR en el gobierno, cuando se autoriza un proyecto complementario valorado en 12,5 millones que el pasado viernes se rebaja hasta los 9,9 millones para hacerlo legal. La reducción del coste se reconoce después de que se denunciara públicamente la compra de una mesa valorada en 180.000 euros. Los socialistas justifican el desfase, que supera los 21 millones, por cambios en el proyecto respecto al original.