Poca fue la trascendencia del infante don Juan de Aragón, pues apenas sobrevivió unas pocas horas a su propio nacimiento. Sin embargo, su destino era el de romper la unidad dinástica entre la Corona de Aragón y Castilla que habían urdido décadas antes los mismos Reyes Católicos y lograr que los Estados del rey aragonés se siguieran manteniendo en manos de la casa de Trastámara y no fueran a parar a una casa extranjera, como pasó finalmente. Pero, ¿cómo Fernando el Católico pudo renegar al final de la obra de toda una vida junto a su esposa Isabel de Castilla?
La muerte paulatina de varios de sus hijos convirtió a su hija Juana en heredera de todos sus dominios, pero a esta la habían casado con Felipe el Hermoso, duque de Borgoña e hijo y heredero del emperador Maximiliano I de Habsburgo. Este matrimonio era una pieza más de la política internacional de los Reyes Católicos que pretendía mediante alianzas con diferentes Estados europeos aislar a Francia y desactivar la gran amenaza que esta suponía.
Sin embargo, Felipe les salió rana, pues resultó ser muy afín a las políticas francesas, llegando incluso a traicionar a los Reyes Católicos desvelando sus planes al francés. Pero Fernando e Isabel poco podían hacer y, además, veían cómo su hija Juana había acabado embaucada por el amor que sentía hacia su marido Felipe. Veían pues cómo la obra de toda una vida se hallaba en peligro, pues estaba claro que a la muerte de ambos monarcas sus Estados pasarían a las manos de Felipe el Hermoso en lugar de a las de Juana, que pocas muestras daba de querer gobernar.
A los pocos meses de morir Isabel la Católica en el año 1504, Fernando decide contraer de nuevo matrimonio, esta vez con Germana de Foix, con el objetivo de tener un hijo que heredara y salvaguardara al menos a la Corona de Aragón. Las Cortes aragonesas habían jurado a Juana como heredera, pero con la salvedad de que si Fernando lograba tener un hijo varón sería este el que heredaría el trono, y es que recordemos que en teoría los fueros no permitían que una mujer gobernara en Aragón, aunque sí heredar la propiedad del trono.
Más tarde, y a pesar de la muerte en 1506 de Felipe el Hermoso, la herencia iría a parar a manos del hijo de este, Carlos, el futuro emperador Carlos V, que pertenecía ya a la casa de Habsburgoy no a la de Trastámara, y que para más inri estaba siendo educado en Flandes, por lo que se le consideraba un total extranjero. Fernando no quería permitir esto y finalmente en 1509 nacería el príncipe Juan fruto de ese matrimonio entre el monarca aragonés y Germana de Foix, que de haber sobrevivido habría heredado los Estados de la Corona de Aragón, rompiendo así la unión dinástica con Castilla. Pero el infante no salió adelante y murió ese mismo día, siguiendo el curso de la historia que hoy conocemos. Fernando el Católico siguió intentando hasta su muerte tener un hijo, y algunas teorías dicen que los bebedizos a los que acudió para aumentar su potencia sexual acabaron por precipitar su muerte a principios de 1516, principalmente la cantaridina, aunque esta teoría está cada vez menos aceptada.
El rey aragonés todavía intentó hacer un último esfuerzo para evitar que heredara el trono un extranjero como su nieto Carlos educando él mismo a su otro nieto, el príncipe Fernando, que a pesar de ser un Habsburgo fue educado entre Castilla y Aragón desde su niñez. Era su nieto favorito y llegó a declararle su heredero en varios testamentos, pero finalmente y en su lecho de muerte en la localidad extremeña de Madrigalejo, Fernando II decidió respetar la voluntad de su fallecida esposa Isabel y mantuvo la herencia de Carlos, probablemente también porque de haber mantenido sus deseos anteriores lo más seguro es que se habría acabado desatando una guerra civil por el trono entre los partidarios de ambos hermanos. ¿Pero qué habría pasado de haber sobrevivido el infante Juan de Aragón? ¿Aragón y Castilla habrían mantenido caminos diferentes o se habrían unido igualmente aunque de otra manera? Estas preguntas son de pura ciencia ficción, pero siempre viene bien hacérselas para ver que la Historia nunca está escrita antes de que ocurra.